具体看是什么纠纷，如果对使用权没有异议的土地纠纷，对土地确权办证并没有影响，可以直接起诉至人民法院进行判决；如果是土地使用权的争议纠纷，则需由地方国土资源行政主管部门进行调查处决后再进行确权颁证。根据《土地权属争议调查处理办法》第十四条的规定下列案件不作为争议案件受理：（一）土地侵权案件；（二）行政区域边界争议案件；（三）土地违法案件；（四）农村土地承包经营权争议案件；（五）其他不作为土地权属争议的案件。第二十条国土资源行政主管部门在调查处理争议案件时，应当审查双方当事人提供的有关证据材料：（一）人民政府颁发的确定土地权属的凭证；（二）人民政府或者主管部门批准征收、划拨、出让或者以其他方式批准使用土地的文件；（三）争议双方当事人依法达成的书面协议；（四）人民政府或者司法机关处理争议的文件或者附图；（五）其他有关证明文件。第二十一条对当事人提供的证据材料，国土资源行政主管部门应当查证属实，方可作为认定事实的依据。第二十二条在土地所有权和使用权争议解决之前，任何一方不得改变土地利用的现状。第三十一条当事人对人民政府作出的处理决定不服的，可以依法行申请政复议或者提起行政诉讼。在规定的时间内，当事人既不申请政复议，也不提起行政诉讼，处理决定即发生法律效力。生效的处理决定是土地登记的依据。
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土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决。协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理;个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起规定期限内，向人民法院起诉。乡(镇)政府根据发包方上报的审核报告，结合有关土地承包法律政策、工作方案，指导发包方制定具体措施，在不违背法律政策的前提下，区别不同情况，通过民主协商，妥善解决土地承包纠纷问题。对个别村部分群众要求调地的，应当慎重把握、妥善处理。对符合法定情形，需要个别调整的，应当履行法定审批程序。权属争议未解决的，不进行土地承包经营权确权登记颁证。
土地有纠纷不能确权首先应当解决争议。土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
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