员工应该先申请赔偿，同时在赔偿拿到手后办理辞职手续。根据《社会保险法》第三十八条因工伤发生的下列费用，按照国家规定从工伤保险基金中支付：（一）治疗工伤的医疗费用和康复费用；（二）住院伙食补助费；（三）到统筹地区以外就医的交通食宿费；（四）安装配置伤残辅助器具所需费用；（五）生活不能自理的，经劳动能力鉴定委员会确认的生活护理费；（六）一次性伤残补助金和一至四级伤残职工按月领取的伤残津贴；（七）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性医疗补助金；（八）因工死亡的，其遗属领取的丧葬补助金、供养亲属抚恤金和因工死亡补助金；（九）劳动能力鉴定费。第三十九条因工伤发生的下列费用，按照国家规定由用人单位支付：（一）治疗工伤期间的工资福利；（二）五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴；（三）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性伤残就业补助金。
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工伤鉴定流程有三个步骤，分别是工伤认定，劳动能力鉴定和工伤职工应享有的待遇及救济途径。工伤认定申请既可由用人单位提出，也可由工伤职工或者其直系亲属、工会组织提出。申请人不同，申请的先后顺序也不同。用人单位应当自事故发生之日或者被诊断鉴定为职业病之日起三十日内提出，遇有特殊情况，经劳动保障部门同意，可以适当延长。用人单位未按上述规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其直系亲属、工会组织才可以提出。但是提出时间从事故发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起不得超过一年。提出工伤认定申请应当提交下列材料：工伤认定申请表；用人单位与劳动者存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料；医疗诊断证书或者职业病诊断证书（或者职业病诊断鉴定书）。工伤认定申请表应当包括事故发生的时间、地点、原因以及职工伤害程度等基本情况。工伤认定申请人提供材料不完整的，劳动保障行政部门应当一次性书面告知工伤认定申请人需要补正的全部材料。申请人按照书面告知要求补正材料后，劳动保障行政部门应当受理。
工伤鉴定过程的步骤如下：1、职工发生事故伤害或者依照《工伤保险条例》的规定被诊断为职业病的，所在单位应当自事故伤害发生之日起三十日内向统筹地区社会保险行政部门申请工伤认定；2、职工发生工伤，经治疗后残疾，影响劳动能力的，应当进行劳动能力鉴定；3、工伤职工应享受的待遇和救济途径，工伤职工应当享受工伤医疗待遇、停工留薪待遇。
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