两者区别在于，环保税增加了企业减排的税收减免档次。现行排污费制度只规定了一档减排税收减免，即：纳税人排放应税大气污染物或者水污染物的浓度值低于规定标准百分之五十的，减半征收环境保护税。有的意见提出，应当根据减排的幅度确立更多档次的税收减免。为鼓励企业减少污染物排放，参考实践中一些地方的做法，环境保护税法增设了一档减排税收减免，即：纳税人排放应税大气污染物或者水污染物的浓度值低于规定标准百分之三十的，减按百分之七十五征收环境保护税。
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环保税是按照从量计征的方法，没有固定税率，是按照环保税法规定，应税大气污染物的税额幅度为每污染当量1.2元至12元；水污染物的税额幅度为每污染当量1.4元至14元，具体适用税额的确定和调整，可由各地人民代表大会常务委员会在法定税额幅度内决定。环境保护税的征税对象是大气污染物、水污染物、固体废物和噪声等4类应税污染物。具体应税污染物依据税法所附《环境保护税目税额表》《应税污染物和当量值表》的规定执行。环境保护税的缴纳：税法规定，纳税人应当向应税污染物排放地的主管税务机关申报缴纳环保税。环保税按月计算，按季申报缴纳。不能按固定期限计算缴纳的，可以按次申报缴纳。根据税法，纳税人应当自季度终了之日起十五日内，向主管税务机关办理纳税申报并缴纳税款;按次申报缴纳的，应当自纳税义务发生之日起十五日内，向税务机关办理纳税申报并缴纳税款。
我国自2018年1月1日，颁布了第一部推进生态文明建设的单行税法——《环境保护税法》。其中按照规定四大类污染需要征税包括大气污染物、水污染物、固体废物和噪声，但是建筑和交通噪声暂未纳入，同时居民排放生活污水和垃圾未纳入征税范围。 但是全国的环保税收标准各不相同，以北京、天津、河北、江苏、山东等省市为首。应税污染物：《环境保护税法》所附《环境保护税税目税额表》、《应税污染物和当量值标》所规定的大气污染物、水污染物、固体废物和噪声。
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