公司交的五险保障范围广，缴费高，相对来说，待遇也高一些。农村合作医疗保险缴费低，报销比例也相对低一些。两种保险不能重复享受，所以不需要一起交，在公司交五险的情况下，可以把农村合作医疗保险停缴。社会保险是一种为丧失劳动能力、暂时失去劳动岗位或因健康原因造成损失的人口提供收入或补偿的一种社会和经济制度。社会保险计划由政府举办，强制某一群体将其收入的一部分作为社会保险税（费）形成社会保险基金，在满足一定条件的情况下，被保险人可从基金获得固定的收入或损失的补偿，它是一种再分配制度，它的目标是保证物质及劳动力的再生产和社会的稳定。社会保险的主要项目包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险。农村医疗保险，是我国社会保障的一部分，农村合作医疗制度是由政府支持、农民群众与农村经济组织共同筹资、在医疗上实行互助互济的一种具有医疗保险性质的农村健康保障制度。即农民每年交一定数额的合作医疗资金，集体与政府也可投入一部分，共同形成专项基金，农民就医时可按一定比例报销医药费。
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五险里面的医疗保险和农村合作医疗区别： 1、包含险种不同，新农村合作医疗是由国家政策牵头，并由当地的政府组织、引导的一种医疗保障体系，一般农民多为自愿加入，不管是小病还是大病都有相应的医疗互助互惠保障。而资金一般由政府补贴、村集体扶持、个人联合缴费的形式，以建立最基本的社会保障形式。五险是由用人单位给予劳动者的几种保障性待遇的合称，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险，一般指为没有劳动能力和没有劳动岗位的人提供社会性的一种福利保障制度。 2、覆盖范围不同，新农村合作医疗是在农村必须是农村户口才能参加，当年缴费，次年需再交钱才可以享受新农村合作聊。五险是覆盖所有单位和职工的，参保人在完成交费年限后便可以终身获得享受。 3、保障力度不同，新农村合作医疗基金由于是多方筹资的关系，所以在保障力度上还稍稍欠缺了点。五险实行“低水平、广覆盖”的特点，因此一经参保，标准都是统一享受的。
1.参保人不同，城镇医疗（即职工医保）是由职工参保，保费由用人单位和职工共同缴纳，而农村合作医疗（即新农合）主要由农民朋友们参保，是一种互助共济的医疗制度，也属于国家医保；2.城镇医疗所需要缴纳的保费相对于农村合作医疗来说要高一些；3.城镇医疗所能报销的费用相对于农村合作医疗来说要高一些；4.农村合作医疗的起付线相对于城镇医疗来说要低一些。
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