对于男女双方非法同居期间所生子女由哪一方抚养的问题，最好由双方协商解决。在无法协商或者协商不成的情况下，可以到法院起诉，同时可以参考《最高人民法院关于人民法院审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》如下规定确定： 1、两周岁以下的子女，一般随母方生活。母方有下列情形之一的，可随父方生活： （1）患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活的； （2）有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的； （3）因其他原因，子女确无法随母方生活的。
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双方协商,协商不好只能起诉,高婚案件中就孩子抚养问题,法庭会根据不同情况作出不同的判决： 1,如果双方可以就孩子抚养协商一致,按照双方当事人的意思出具判决书； 2,如果双方不能就孩子抚养协商一致,法院会按照一人抚养一个子女的原则进行判决; 3,判决抚养的时候法院会参考孩子的年龄,性别等因素进行判决,通常情况下,两周岁以内的子女原则上女方抚养,两周岁到十周岁之间的子女法院会按照有利子女成长的原则判决,十周岁以上的子女可以征求孩子意见。
孩子不足两周岁的以母亲抚养为原则；两周岁以上的，如双方因抚养问题发生争执不能达成协议时，由人民法院根据子女的权益和双方的具体情况判决；十周岁以上的孩子，法院会参考孩子的意见。
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