车辆因套牌车违法而被查封，当事人应当及时补办相应手续并接受处罚，才能取出被扣押车辆。《道路交通安全法》第九十六条伪造、变造或者使用伪造、变造的机动车登记证书、号牌、行驶证、驾驶证的，由公安机关交通管理部门予以收缴，扣留该机动车，处15日以下拘留，并处2000元以上5000元以下罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。伪造、变造或者使用伪造、变造的检验合格标志、保险标志的，由公安机关交通管理部门予以收缴，扣留该机动车，处10日以下拘留，并处1000元以上3000元以下罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。使用其他车辆的机动车登记证书、号牌、行驶证、检验合格标志、保险标志的，由公安机关交通管理部门予以收缴，扣留该机动车，处2000元以上5000元以下罚款。当事人提供相应的合法证明或者补办相应手续的，应当及时退还机动车。
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车辆被套牌可以申诉。遇到这种情况，驾驶人需要做的一件事情就是证明这个违章不是你犯的。 如果套牌车和你开的车不是同一款车，只要带车辆行驶证、车辆登记证、车主身份证、车主驾驶证和涉案车辆的现场拍照取证即可； 如果套牌车和你同款，则需要证明你被拍违章时，你的车辆不在违章地点，这时候的停车票、高速收费票、监控录像等都有效。 除了套牌车，还有可能号牌被录入错误，这种情况下也是可以申诉。
车子被套牌处理流程如下：1、搜集一切有利的证据；2、向交管部门提交申诉，可以选择车辆登记所在地的交管部门申诉，也可以去违章所在地进行申诉；3、申诉成功后，交管部门会开具一个车辆被套牌说明，可以到车管所申请更换牌号。
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