根据2015年11月1日正式施行的《刑法修正案九》规定，本罪取消死刑处罚。 1、自然人犯本罪的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金。 2、虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金。 3、虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。 4、虚开增值税专用发票或用于出口退税、抵扣税款的其他发票骗取国家税款，数额特别巨大、情节特别严重、给国家利益造成特别重大损失的，处无期徒刑或者死刑，并处没收财产。 5、单位犯本罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处三年以下有期徒刑或者拘役;虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑;虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或无期徒刑。 2018年最高法发布通知：《最高人民法院关于虚开增值税专用发票定罪量刑标准有关问题的通知(法[2018]226号)》 在新的司法解释颁行前,对虚开增税专用发票刑事案件定罪量刑的数额标准,可以参照《最高人民法院关于审理骗取出口退税刑事案件具体应用法律若干问题的解释》(法释[2002]30号)第三条的规定执行。即虚开的税款数额在五万元以上的，以虚开增值税专用发票罪处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金;虚开的税款数额在五十万元以上的，认定为刑法第二百零五条规定的“数额较大”;虚开的税款数额在二百五十万元以上的，认定为刑法第二百零五条规定的“数额巨大”。
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虚开增值税专用发票的，虚开税款数额１万元以上的或者虚开增值税专用发票致使国家税款被骗取５０００元以上的，应当依法定罪处罚。虚开税款数额１０万元以上的，属于“虚开的税款数额较大”，具有下列情形之一的，属于“有其他严重情节”：因虚开增值税专用发票致使国家税款被骗取５万元以上的；具有其他严重情节的。虚开税款数额５０万元以上的，属于“虚开的税款数额巨大”；具有下列情形之一的，属于“有其他特别严重情节”：因虚开增值税专用发票致使国家税款被骗取３０万元以上的；虚开的税款数额接近巨大并有其他严重情节的；具有其他特别严重情节的。
虚开增值税发票罪一般处拘役或者最高三年有期徒刑，并处一定的罚金。如果虚开税款数额达到了十万元，属于数额较大，处最低三年、最高十年有期徒刑，并处一定的罚金。如果虚开税款数额达到了五十万元，属于数额巨大，处最低十年有期徒刑或者无期徒刑，并处一定的罚金。
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