关于新农合的报销制度，全国没有统一的规定，各地根据自己的实际情况有不同的规定。以北京市海淀区为例看一下相关规定。 (一)普通参合人员医疗费用报销政策。年度内多次住院，首次住院医疗费用超出起付线者，再次住院发生费用累计计算，按规定进行补偿。因病住院经批准转院连续住院治疗的，其住院的医药费用累计计算，按规定进行报销，每月结报一次。恶性肿瘤进行放、化疗、肾透析，肝、肾移植(或肝肾联合移植)术后服用抗排异药及儿童再生障碍性贫血和血友病所发生的特殊病种门诊费用，每月结报一次。年度内多次门诊，门诊累积医疗费用超出起付线者，按规定进行报销，具体报销时限由各乡镇自行制定。镇(乡)新型农村合作医疗经办机构每月的1日至20日内向海淀区新型农村合作医疗管理中心申请复审结算。对于当年12月份发生的医疗费用单据应最迟在次年1月20日前向海淀区新型农村合作医疗管理中心进行申请复审结算。跨年度连续住院的费用，当年12月31日以前含(31日)发生的住院医疗费用和自下一年起发生的住院医疗费用分别进行结算。根据各年度实际缴费情况予以补偿。对于跨年度结算的一次住院费用只计算一次起起付线。 (二)两类特殊人群住院医疗费用补偿政策和流程。 (1)参合农民参加其他商业医疗保险，如先由商业医疗保险按照其标准支付补偿款的，参合患者须向镇(乡)合管办提供商业保险分割单和住院医疗费用全部票据复印件进行报销。若先由新型农村合作医疗报销的，由新农合出具费用分割单，再到商业医疗保险公司报销。新型农村合作医疗补偿款和商业医疗保险补偿款总额不应超过所发生住院医疗总费用。 (2)参加新农合的优抚对象，首先由民政局按照有关政策进行报销，参合患者须向镇(乡)合管办提供民政局出具的优抚对象新型农村合作医疗报销介绍信，新型农村合作医疗对优抚对象经民政局报销后的剩余金额部门按照新农合标准进行报销。
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新农合异地就医报销流程： 1、患者本人/家属带患者身份证（或户口本）、两张一寸彩色照片、新农合医疗证到参合地经办机构转诊备案手续，也可以致电办理 2、携带患者身份证、新农合医疗证和转诊备案手续到转诊医院就医，办理新农合住院手续，只有要找跨省定点医疗机构就医 3、患者住院接受治疗 4、出院后，凭患者本人身份证(或户口本)、新农合医疗证、病历复印件、住院结算单(有的是发票形式的)、住院费用清单、转诊备案手续到参合地经办机构报销。
只要是符合计划生育政策且参加了孕农村合作医疗保险的产妇,在取得母婴保健技术服务执业许可证的医疗机构住院分娩，都可得到合作医疗基金的补偿。参加新型农村合作医疗的孕产妇同时享受新农合定额报补；农村孕产妇在乡镇医疗卫生机构分娩正常顺产免费,农村孕产妇在户籍所在地助产机构分娩出院时,凭《农村孕产妇住院分娩补助卡》在助产机构直接抵扣分娩费用。
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