专业分析：
员工违反保密协议，具体所要承担的责任要根据具体情况具体处理。公司可以依据相关协议追究违约责任。情节严重涉嫌犯罪的，要承担刑事责任。
第一、员工违反保密协议，用人单位可以根据保密协议中对于违约责任的约定处理。
第二、《反不正当竞争法》对侵犯商业秘密行为规定的处罚方式，一是由监督检查部门责令停止违法行为，二是可根据情节处以1万元以上20万元以下的罚款。
第三、《刑法》第219条规定了侵犯商业秘密罪。对有侵犯商业秘密的行为之一，给商业秘密的权利人照成重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处单位罚金;造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
