侦查机关作出的《鉴定意见》是否客观公正，不仅直接影响当事人的合法权利，而且还影响案件的公正裁判。由于种种原因，侦查机关作出的某些《鉴定意见》并不客观公正。对此，最新修改并于2013年1月1日施行的《公安机关办理刑事案件程序规定》第243、244、245、246条明确规定，经审查作为证据使用的《鉴定意见》，公安机关应当及时告知犯罪嫌疑人、被害人或者其法定代理人。犯罪嫌疑人、被害人对鉴定意见有异议，可以提出申请。侦查人员接到异议申请后，应报请县级以上公安机关负责人审查。经审查，认为不符合补充申请或重新申请条件，县级以上公安机关负责人应当在3日内作出不准予补充或重新鉴定决定，并将该决定通知申请人。符合补充申请或重新申请条件的，经县级以上公安机关负责人批准，应当作出准予补充或重新鉴定决定，并通知申请人。
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如果犯罪嫌疑人、被害人对刑事鉴定意见有异议的，可以提出申请补充鉴定或重新鉴定。依据《最高人民法院关于适用＜中华人民共和国刑事诉讼法＞的解释》第８４、８５条，犯罪嫌疑人、被害人提出异议申请时，需提供相关证明材料予以说明。这些证明材料可以围绕鉴定机构和鉴定人是否具有法定资质、鉴定人是否符合回避要求、鉴定材料的真实合法性、鉴定程序的合法性等多个方面进行论述，以支持其异议的主张。审判阶段，公诉人、当事人或者辩护人、诉讼代理人对鉴定意见有异议，人民法院认为鉴定人有必要出庭的，鉴定人应当出庭作证。经人民法院通知，鉴定人拒不出庭作证的，鉴定意见不得作为定案的根据。
当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，人民法院应予准许： (一)鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格的； (二)鉴定程序严重违法的； (三)鉴定结论明显依据不足的； (四)经过质证认定不能作为证据使用的其他情形。对有缺陷的鉴定结论，可以通过补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法解决的，不予重新鉴定。
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