法院会根据该小产权房的具体情况以不同的方式处理： 1、对于已被有权机关认定为违法建筑的，不予处理；但违法建筑已经行政程序合法化的，可以对其所有权归属做出处理。 2、对于虽未经行政准建，但长期存在且未受到行政处罚的房屋，可以对其使用权归属做出处理。 3、在仅能处理使用权时，法院会向当事人释明并允许当事人变更相关诉讼请求。在处理相关房屋的使用权时，能分割的进行分割，不能分割的进行折价补偿，房屋折价时可采用竞价方式确定价格。
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不建议购买小产权房，买小产权房是不受法律保护的，一旦发生房产纠纷难以维权。小产权房只有乡政府颁发的房产证，并没有国家所颁发的真正意义上的房产证，它的一切商业活动都会受到限制。
小产权房是直接办不了房产证的，只有通过过户才可以取得房产证。 一、小产权房屋开发人根据建房批复，城填规化许可证到土管局交纳一定量的土地出让金，变集体土地为国有土地。 二、小产权的建筑商到地税部门交纳4.38%的建筑环节税收。 三、根据变更的国有土地使用证和交纳的建筑环税收票证、建房批复、城镇规化许可证到房管部门办理房屋总证。 四、房屋购买者凭房屋总证，房屋产权过户表，卖买双方身份证复印件，购买房屋合同到财政部门(农村财政税收和农村财务管理局)交纳契税税。 五、到地税部门交纳房屋销售环节的各项税收。 六、凭以上各种手续和交纳的税收票据或税收减免证到房屋管理部门办理房产权手续。
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