员工申请工伤认定，如果单位没有证据证明不是工伤，那么就应该认定为工伤，但是员工必须提供工伤认定申请书，劳动关系证明以及首次诊断记录。依据《工伤保险条例》第十八条提出工伤认定申请应当提交下列材料：（一）工伤认定申请表；（二）与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料；（三）医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）。工伤认定申请表应当包括事故发生的时间、地点、原因以及职工伤害程度等基本情况。工伤认定申请人提供材料不完整的，社会保险行政部门应当一次性书面告知工伤认定申请人需要补正的全部材料。申请人按照书面告知要求补正材料后，社会保险行政部门应当受理。第十九条社会保险行政部门受理工伤认定申请后，根据审核需要可以对事故伤害进行调查核实，用人单位、职工、工会组织、医疗机构以及有关部门应当予以协助。职业病诊断和诊断争议的鉴定，依照职业病防治法的有关规定执行。对依法取得职业病诊断证明书或者职业病诊断鉴定书的，社会保险行政部门不再进行调查核实。职工或者其近亲属认为是工伤，用人单位不认为是工伤的，由用人单位承担举证责任。
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工伤认定程序，是政府工伤认定行政部门通过用人单位或者工伤职工所提供的相关材料，并根据自己的调查结论，最终确定是否属于工伤的一个行政确认行为，并不是所有的申请都能被认定为工伤。工伤职工在发生事故伤害，或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病的，提起工伤认定，但没有被劳动行政工伤认定部门认定为工伤。工伤职工或者用人单位均可可以自收到未被认定为工伤的工伤认定决定书之日起60日内向上一级工伤认定行政机关或所述人民政府提起行政复议，劳动者也可以不经过行政复议，直接向有管辖权的法院，提起行政诉讼。需要特别注意的是，劳动者或者用人单位首先要明确没有认定上工伤的具体原因，如果是无法查明受伤事实，在行政复议和行政诉讼阶段，可以搜集相关能证实在工作时间、工作地点、因工作原因受伤等证据，或者相关案例、指导意见等，向复议机关或人民法院提供，以便能争取改变原工伤认定结论。
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