首先小产权房的房产是不能公证的，公证的基础是要合法。所谓小产权是国家不认可的，更不能上市交易的，公证处当然不能做这种公证；但可赠与或遗嘱。国家相关法律、法规和政府文件上并没有“小产权房”、“乡产权房”的提法，更没有对其下过定义。以往所说的“小产权”主要针对的是国有企事业单位自建房，在国有单位里，土地是无偿划拨的，土地由国有单位全体职工共同使用。职工购买这种条件下建设的住房，房屋由职工个人所有，但无法获得个人土地使用权证，这就是小产权。
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小产权房屋转让协议是不能公证的。因为小产权房屋在我国是禁止买卖的，任何买卖小产权房屋的行为都是违法行为，公证的目的在于公证房屋买卖行为的合法有效性，对于国家命令禁止的行为是不会进行公证的。根据法律规定，有下列情形之一的，公证机构不予办理公证： (一)无民事行为能力人或者限制民事行为能力人没有监护人代理申请办理公证的; (二)当事人与申请公证的事项没有利害关系的; (三)申请公证的事项属专业技术鉴定、评估事项的; (四)当事人之间对申请公证的事项有争议的; (五)当事人虚构、隐瞒事实，或者提供虚假证明材料的; (六)当事人提供的证明材料不充分或者拒绝补充证明材料的; (七)申请公证的事项不真实、不合法的; (八)申请公证的事项违背社会公德的; (九)当事人拒绝按照规定支付公证费的。
小产权房不可以进行公证，公证的基础是要合法。而小产权是国家不认可的，更不能上市交易的，因此公证处自然是不能做这种公证的，即使做了国家也是不认可的。
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