第四十六条发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决;不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。第四十七条双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议。的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。第四十八条已确定为医疗事故的，卫生行政部门应医疗事故争议双方当事人请求，可以进行医疗事故赔偿调解。调解时，应当遵循当事人双方自愿原则，并应当依据本条例的规定计算赔偿数额。经调解，双方当事人就赔偿数额达成协议的，制作调解书，双方当事人应当履行;调解不成或者经调解达成协议后一方反悔的，卫生行政部门不再调解。第四十九条医疗事故赔偿，应当考虑下列因素，确定具体赔偿数额： (一)医疗事故等级; (二)医疗过失行为在医疗事故损害后果中的责任程度; (三)医疗事故损害后果与患者原有疾病状况之间的关系。不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任。
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2002年国务院颁布《医疗事故处理条例》，所谓“处理医疗事故”，在本条例中是指在医疗事故发生后，卫生行政部门对发生医疗事故的医疗机构及其医务人员的行政处理，或者应当事人的请求，卫生行政部门对医疗事故争议的处理。 这里的“处理”仅指行政机关的处理，不包括医疗事故的其他处理途径。如行政处罚医疗事故时可依本条例第50条的规定进行赔偿。 但该条的规定在人民法院处理医疗事故损害赔偿纠纷时只起参照作用。对医疗事故的处理，涉及的方面较多，不仅是医患双方，还有直接或者间接涉及患者的家属、亲友，涉及到发生医疗事故的医务人员的亲属等，同时还会对医院的管理、信用及社会产生影响。 因此，处理医疗事故时必须慎重，无论是对哪一方面的处理，都必须处理正确、得当，这样才能有利于保护医患双方的合法权益，有利于社会的稳定。正确处理医疗事故，可以说是行政机关、人民法院处理医疗事故追求的最终目的，也是最高要求，是制定本条例的首要宗旨。
医疗事故争议处理方式有：双方协商、调解、仲裁、法院判决等。发生医疗事故后，患方可以先和院方本着平等自愿的原则，在充分协商的基础上达成和解协议，和解协议在当事人双方之间产生约束力。如果和解不成的，当事人可以请求卫生行政部门调解，或者请求法院依法做出判决。
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