劳动者在上班期间生病，而且申请病假，但超过法定医疗期的，那么单位会解除劳动合同，而且支付劳动者经济补偿。法律依据：《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第三条：企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期：（一）实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月。（二）实际工作年限十年以上的，在本单位工作年限五年以下的为六个月；五年以上十年以下的九个月；十年以上十五年以下的为十二个月；十五年以上二十年以下的为十八个月；二十年以上的为二十四个月。第四条：医疗期三个月的按六个月内累计病休时间计算；六个月的按十二个月内累计病休时间计算；九个月的按十五个月内累计病休时间计算；十二个月的按十八个月累计病休时间计算；十八个月的按二十四个月内累计病时间计算；二十四个月的按三十个月内累计病休时间计算。第八条：医疗期满尚未痊愈者，被解除劳动合同的经济补偿问题按照有关规定执行。
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员工患病在规定医疗期限内的，用人单位不可以解除劳动合同。在规定医疗期限结束不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位可以提前三十日以书面形式通知劳动者或额外支付一个月工资，可以解除劳动合同。
劳动者尚处病假期间，如果劳动者的病假期间没有超过法律规定的医疗期，那么，用人单位就不能解除劳动合同，否则，构成违法解除。如果劳动者的病假期间已经超过法律规定的医疗期，劳动者不能从事原工作，也不能从事用人单位另行安排的工作的，用人单位需提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，方可解除劳动合同。但劳动者在病假期间，如严重违反用人单位的规章制度，或给用人单位造成重大损害的，用人单位可以与劳动者解除劳动合同。
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