企业法人已变更，税务未及时变更是会有处罚的。
依据相关规定，企业未及时变更，由税务机关
责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，处二千元以上一万元以下的罚款。
《税收征收管理法》第六十条，纳税人有下列行为之一的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，处二千元以上一万元以下的罚款：
（一）未按照规定的期限申报办理税务登记、变更或者注销登记的；
（二）未按照规定设置、保管帐簿或者保管记帐凭证和有关资料的；
（三）未按照规定将财务、会计制度或者财务、会计处理办法和会计核算软件报送税务机关备查的；
（四）未按照规定将其全部银行帐号向税务机关报告的；
（五）未按照规定安装、使用税控装置，或者损毁或者擅自改动税控装置的。
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