1、存疑不诉的后果在于检察机关决定“
存疑不起诉”，是因为不能确定
犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任，而对案件侦查终结作出终止或者终结的决定。实质上是人民检察院通过
刑事诉讼法赋予的侦查手段，对犯罪嫌疑人进行刑事侦查，无法证明犯罪嫌疑人有犯罪事实而作出的最终确认。存疑不起诉并不是绝对不起诉，如果在之后发现了新的证据，这个时候是可以进行起诉的。
2、存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是指检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出
不起诉决定。我国刑事诉讼法第171条第4款规定：对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。而根据我国《刑事诉讼法》第171条第三款规定的精神，补充侦查的案件应在1个月内
补充侦查完毕，补充侦查以两次为限。因此，经过两次补充侦查，对于事实仍未查清、证据不足的案件，人民检察院可以作出不起诉的决定。案件经过两次补充侦查，具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件。
(1)据以定案的证据存在疑问、无法查证属实的。
(2)
犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的。
(3)证据之间的矛盾不能合理排除的。
(4)根据证据得出的结论具有其他可能性而无法排除的。
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