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公司申请破产子公司怎么办呢？从法律上说，公司持有的子公司股权是破产财产的一部分，需要交由破产托管人出售，换成现金来分配给债权人。出售没有固定的形式，既可以拍卖出售，也可以个别出售，目的只是尽量获得更多的现金。所以子公司在股东层面一定会发生变更，原先持股的母公司将不复存在，从托管人手中购得股权的人将成为新的股东。简单说，在股权处置后，子公司将脱离和母公司的关系，继续存续。但如果100%持股的子公司本身经营不善（在母公司破产的情况下并不罕见），其股权无人感兴趣，则托管人有可能将该公司的资产直接拍卖，将现金分配给债权人，然后将公司注销，这种情况下子公司将不复存在。
从商业上说，母公司破产对子公司会有很大影响。一般来说，母公司和子公司都有关联交易，比如采购原材料或提供服务，母公司破产后，子公司可能会减少收入；很多子公司和母公司的企业名称类似，比如盛大旗下的公司、阿里巴巴旗下的公司，那么母公司破产会对子公司的信誉产生不良影响，再加上前述股权变更，可能需要更改企业名称来消除负面影响。
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