1、举报。比如消费者在外就餐，向商家索要发票，但商家以各种名目理由不予以开具，消费者向当地税务机关举报，税务机关就怀疑企业在税收上面可能有文章；另外就是财务在公司有不愉快的经历，离职之后举报公司的偷漏税行为；再者就是竞争对手甚至是合作伙伴，只要有发现企业有任何税收上面动手脚的蛛丝马迹，都向税务局举报。竞争对手举报等等，这个大家都懂不需要多说，这个主要针对的是中小企业。
2、查上下游企业的时候连带查出问题。比如现在税务局大力度查杀
虚开增值税专用发票的企业，连带就可以查到受票方，不论是不知情者还是可以接受虚开的专票，都有虚假抵扣的风险，这时候就成为税务机关重点稽查对象了；另外，税务机关在查某家生产型企业偷漏税证据时，与之相关联的公司，比如原材料提供商，销售对象，都将成为检查举证对象，间接地也接受了税务机关的稽查。
3、系统比对。这个目前是税务局最常用的方式。比如去年上线全国各地税务机关相继运用起来的近金税三期系统，还有各地税务机关根据当地税务情况自行研发的信息系统，会根据企业的各类报表信息分析出税务疑点，系统中涉及了成百上千的风险点，一旦分析出企业税务上有疑点就给出预警。比如，一个工业企业水电费用常年居高不下，利润表上却显示接连的亏损，系统就会提醒税务机关去查一下，因为正常企业如果亏损的话，工厂会减产甚至提供，不可能常年高额水电费。有一些地方的税务机关会利用一些技术手段，比如说网络爬虫技术来发现企业在税务上面的手脚。
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