1、两者的性质不同
醉驾
免予刑事处罚是针对的对象是已经构成犯罪，但
犯罪情节轻微不需要判处刑罚的人;不起诉的对象则包括
不构成犯罪、指控犯罪证据不足或存疑、犯罪情节轻微,依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的人。
2、两者作出判定的机关不同
醉驾免予刑事处罚由法院作出判定，而
不起诉决定则由检察院作出判定。
3、两者作出判定的时间不同
免予刑事处罚适用于案件审理阶段，而不起诉适用于
审查起诉阶段。
4、两者的处理过程不同
醉驾免予刑事处罚是由于醉驾符合《中华人民共和国
刑事诉讼法》中免于
起诉的条件，人民检察院作出不起诉;不起诉是检察机关对刑事案件进行审查后，将不具备起诉条件或不适宜提起公诉所作出的不将案件移送法院进行审判而终止诉讼。
自《
刑法修正案八》以后，我国就将醉驾入刑，但随着后面出台的司法解释来看，在实施了醉驾
驾驶机动车的行为之后，也不一定就必然
构成危险驾驶罪，那么醉驾也就不是一定会被认定构成犯罪，从而需要追究行为人的刑事责任。
在我们日常生活当中，对于醉酒驾驶，他的行为通常情况下都是需要经过法院的判决，然后才能够定罪处罚量刑的，但是也有一些情况之下，他完全不需要来进行一个处罚，就是因为已经经过了我们犯罪当中所规定的犯罪行为的追诉时效了。
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