公司之间的债权债务可以通过法定抵销或者双方协商抵销。
1、法定抵销。公司互负到期债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的债务抵销，但依照法律规定或者按照合同性质不得抵销的除外。公司主张抵销的，应当通知对方。通知自到达对方时生效。抵销不得附条件或者附期限。
2、约定抵销。公司互负债务，标的物种类、品质不相同的，经双方协商一致，也可以抵销。
风险提示：债权人在破产申请受理前对债务人负有债务的，可以向管理人主张抵销。但是，有下列情形之一的，不得抵销：
(一)债务人的债务人在破产申请受理后取得他人对债务人的债权的;
(二)债权人已知债务人有不能清偿到期债务或者破产申请的事实，对债务人负担债务的;但是，债权人因为法律规定或者有破产申请一年前所发生的原因而负担债务的除外;
(三)债务人的债务人已知债务人有不能清偿到期债务或者破产申请的事实，对债务人取得债权的;但是，债务人的债务人因为法律规定或者有破产申请一年前所发生的原因而取得债权的除外。
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