股权转让纠纷，公司能作为被告，但是也是分几种情况的。
(一)股权转让双方之间的纠纷
涉及到转让双方之间的
股权转让合同纠纷，如请求履行转让合同，请求支付股权转让款并赔偿损失或
支付违约金，或者请求解除转让合同，请求认定转让合同无效等等。这类纠纷主要适用合同法的有关规定进行处理，应列合同的相对人为被告，涉及到公司利益的，应列公司为第三人。
(二)涉及其他
股东优先购买权的诉讼纠纷
这类纠纷需要结合公司法与合同法相关规定进行处理，应列出让股权的股东为被告，公司为第三人，涉及其他的股东利益，一并追加为第三人。
(三)股权善意取得引发的纠纷案件
此类纠纷多产生于其他股东对于股权转让存在异议，一般是其他股东作为原告，而善意取得第三人与公司为被告。
(四)股权转让纠纷中涉及公司决议的纠纷案件
股权转让纠纷中涉及公司决议无效或撤销，
当事人起诉请求确认股东会或者股东大会、董事会决议无效或者请求撤销上述决议的，应当列公司为被告，对决议涉及的相对
利害关系人，可以列为共同被告或者第三人。
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