一、公诉机关指控被告人
侵犯商业秘密的举证难主要表现在两个方面：
1、第一方面表现为权利人的不配合。往往权利人对其拥有的商业秘密不愿提供作为证据，更不愿将技术信息送交相关部门进行鉴定，这就造成行为人侵犯商业秘密证据上存在问题。
2、第二方面表现为，对行为人泄露的信息是否属商业秘密的鉴定问题。如果具备鉴定条件的话，有关技术信息应当委托专业部门进行鉴定。因为在审查行为人泄露的技术信息是否属商业秘密时，往往会涉及很复杂的技术问题，法官对这类专业技术又知之甚少，如何来认定该专业技术属商业秘密。在这种情况下，专业的鉴定就显得尤为重要。因为专业人员对专业技术的国内外最新情况比较了解，其通过对资料检索并进行对比分析后得出的结论，具有一定的科学性和客观性。法官是中立裁判者，据以定案的鉴定结论必须进行当庭质证并听取双方意见后，结合其他证据进行全面审查判断后决定是否采信。
二、我国刑法规定给商业秘密的权利人造成重大损失才构成犯罪，如何认定重大损失、什么是重大损失便成为区分罪与非罪的关键。造成重大损失是构成
侵犯商业秘密罪必备要件。在刑事诉讼中，重大损失一般是指被害人由于犯罪人的犯罪行为而遭受的物质损失，就侵犯商业秘密而言，刑法未对重大损失的含义明确界定和说明。
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