1、合资方式不同，合资企业属于股权式的合资，合资双方共同投资，共同经营，按各自的出资比例共担风险、共负盈亏；而合作企业属于契约式，中外双方不以投资数额、股权等作为利润分配的依据，而是通过签订合同具体确定各方的
权利和义务。
2、组织形式不同。合资企业必须是依法取得中国法人资格的企业，为
有限责任公司，以其拥有的全部财产承担有限责任；而合作企业可以是依法取得中国法人资格的企业，为有限责任公司，并以其投资或者提供的合用条件为限承担有限责任，也可以是不具备中国法人资格的企业，依照中国民事法律的有关规定
承担民事责任。
3、投资回收方式不同。合资企业中有在依法解散时，外国合资者才能收回自己的资本，在合资企业存续期内，外国投资者是不能回自己的资本的；而合作企业中的外国合作者在一定的条件下可以先行收回投资。
4、经营管理机构不同。合资企业的经营管理机构是董事会及董事会领导下面经营管理机构，董事会是最高权力机构。而合作企业的经营管理机构具有多样性，可以采取董事会制，也可以采取联合管理委员会制，还可以采用委托管理制。
5、利润分配方式不同。合资企业是在毛利民扣除所得税和按规定提取的基金后，将净利润按各方的股权比例进行分配；而合作企业是按合同约定的方式和比例分配利润，可以采取净利润分成，产品分成或产值分成等分配方式。
方式、形式、管理以及利润分配等这些是最主要的五个方面。此外法人代表也有所不同，合资企业的公司法人必须得是中国人至少在我国境内而言，而合作则无所谓对方的法人是谁了。
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