申请法院判决撤销，行政机关可以作出新的处罚决定。行政处罚程序是国家行政机关依法对违反行政法规范，尚不够刑事处分的相对人进行制裁的活动方式和步骤。法律明确规定，人民法院以违反法定程序为由，判决撤销被诉具体行政行为的，行政机关重新作出具体行政行为不受行政诉讼法第五十五条规定的限制。”，因此，行政机关可以作出新的处罚决定。即使法院以事实不清、证据不足、适用法律错误为由作出撤销判决，行政机关依照新查证的事实或者适用正确的法律重新作出决定，仍然是法律所许可的。

行政处罚程序哪些

（1）立案；（2）调查取证；（3）作出处罚决定前，告知当事人作出行政处罚决定的事实、理由及依据，并告知当事人依法享有的权利；（4）当事人可以进行申辩，行政机关进行复核。行政机关不得因当事人申辩而加重处罚。

《中华人民共和国行政诉讼法》第二条公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。前款所称行政行为，包括法律、法规、规章授权的组织作出的行政行为。