股权纠纷管辖法院是被告所在地的法院，根据《民事诉讼法》规定，合同纠纷由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。同时，法律赋予当事人协议约定管辖法院的权利，即合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反民诉法对级别管辖和专属管辖的规定。在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，应适用其约定；没有约定或约定不明，应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。

对于被告所在地，人们一般不会有歧义。而对于股权转让的合同履行地，应为股权转让的目标公司的公司注册地。因为，公司股权转让纠纷的特殊性在于转让行为需要向公司注册地的登记机关履行相应手续方可完成（如果是外资企业，在工商变更之前还需要商务主管部门的批复，否则股权转让合同不生效），因此，以公司注册地作为此类案件的管辖地也是国际上通行的做法。

一、股权纠纷的分类

股权纠纷主要分为四类：股东出资纠纷、股权确认纠纷、股权转让纠纷、股东权利纠纷等。

1、股东出资纠纷

股东出资纠纷是股东在公司设立过程或增资过程中，因履行向公司投入资金或物等资本过程中所发生的纠纷。

在司法实践中，股东出资纠纷主要有：

（1）股东虚报出资额，有关验资单位出具虚假的验资证明，使不符合条件的“公司”得以登记；

（2）先出资后抽逃，公司发起人在设立时，通过借款等方式筹措资金划到验资帐户上，一旦完成验资后，即以各种形式将资本进行抽逃。

2、股权确认纠纷

股权确认实质上就是股东资格的确认。在司法实践中，因股东资格而产生的股权确认之诉是较为常见的一种纠纷和诉讼，也是在法理上合实务中较为复杂的诉讼。股东资格的认定问题主要存在于有限责任公司，股份有限公司股东资格以是否持有公司发行的股票为认定标准，一般不存在疑义。

3、股权转让纠纷

股权转让纠纷是指股权在转让的过程中所发生的纠纷的总称，包括股东之间转让股权的纠纷，以及股东与非股东之间转让股权的纠纷。

4、股东权利纠纷

股东权利纠纷是指在按公司法注册的企业中，企业财产的一个或多个权益所有者拥有哪些权利和按什么方式、程序来行使权利过程中所发生的纠纷。