一、普遍管辖原则中存在哪些障碍问题

普遍管辖原则中存在的障碍问题如下：

1．要根据犯罪嫌疑单位所涉嫌的罪名。根据刑事诉讼法的规定，由相应的司法机关受理。

2．对犯罪嫌疑单位的立案管辖权应与对其直接负责的主管人员或其他直接责任人员的立案管辖权相一致并同案追诉。

3．在划分级别管辖时，应根据单位直接负责的主管人员或其他直接责任人员，因实施单位犯罪而被追究刑事责任的管制相一致，也就是说如果单位直接负责的主管 人员或其他直接责任人员，在实施单位犯罪依法应被判处无期徒刑以上的刑罚时，应有中级人民法院审判，那么对单位犯罪的追究也应由相对应的司法机关进行侦查 和起诉。

4．在地区管辖上。实行犯罪地管辖的原则，只有当犯罪地人民法院认为单位注册地人民法院管辖更为合适时，才可以移交注册地人民法院管辖。

二、普遍管辖权异议如何处理

受诉法院收到当事人提出的管辖权异议后，应当认真进行审查。经审查后，如果认为异议成立的，裁定将案件移送有管辖权的法院审理或者裁定驳回起诉；如果认为异议不能成立应当裁定驳回异议。裁定应当送达双方当事人。当事人不服的，可以在10日内向上一级法院提出上诉。

当事人未提出上诉或上诉被驳回的，受诉法院应通知当事人参加诉讼。当事人对管辖权问题提出申诉的，不影响受诉法院对案件的审理。

三、行使普遍管辖权的注意事项

普遍管辖权的行使，应当注意掌握我国缔结或者参加的国际条约的有关内容，确定我国所承担的义务。只要我国缔结或者加入了某一规定有国际犯罪及其惩处的公约，我国便承担了对犯有条约规定罪行的罪犯行使刑事管辖权的义务。当然，普遍管辖权的行使，在司法实践中会受到一定的限制。只有当犯有国际条约规定的罪行的罪犯在我国境内，并不予以引渡时，我国才能对罪犯实施管辖，依照我国刑法的规定予以惩处。