1、当事人在担保合同中约定担保合同的效力独立于主合同，按以下情形处理：

(1)、该有关担保独立性的约定无效；

(2)、主合同有效的，有关担保独立性的约定无效不影响担保合同的效力；

(3)、主合同无效的，人民法院应当认定担保合同无效，但是法律另有规定的除外。

2、法律依据：《关于适用有关担保制度的解释》第二条

一、如何认定担保合同的效力

担保合同效力的认定主要是从主合同是否成立有效、担保合同的主体、客体和内容是否合法妥当等几方面予以考察.

首先，担保合同是从合同，即依附于主合同的存在而存在。当主合同无效时，担保合同作为主合同的从合同自然也无效。若当事人在担保合同中另有约定(比如约定为不得撤销的担保)，则按当事人约定的内容来处理。

其次，担保合同的主体不合格导致担保合同无效。如无行为能力人或限制行为能力人独自担保合同应认定为无效；国家禁止为保证人的单位，如未经国务院批准的国家机关、学校、幼儿园、医院等以公益事业为目的事业单位、社会团体或者未经法人书面授权的法人分支机构、职能部门，违背国家法律规定，订立保证合同，做为保证人都应认定为无效。

第三是担保合同的客体若是违背国家法律、政策、公序良俗或有害社会利益也应认定为无效。例如，不能以人身为标的设立担保合同；不能以法律明确规定不能作为抵押物的财产作为担保合同的标的；如以土地所有权作为抵押标的担保合同无效；担保的内容如违背法律或有害社会公共秩序应为无效，如保证人向债权人保证若债务人不履行债务就砍下债务人的一支胳膊，这样的担保合同无效。

担保合同被确认无效后，其民事责任的承担应依据当事人各方的过错程序予以确定，如债务人、担保人、债权人都有过错的，应当根据其过错各自承担相应的民事责任。