可以自己申请的，也可以通过仲裁劳动关系确认；公司双方配合不是必经程序，不影响工伤职工申请工伤认定受理。

[申请工伤所需材料]

1、工伤认定申请表；

2、身份证复印件；

3、医院诊断证明或职业病诊断证明；

4、工商企业登记档案资料

5、用个单位与劳动者存在劳动关系的证明（如：劳动合同、厂牌、工卡、证人证词、出入证、罚款单、警告信等）

6、工伤事故报告书

7、上下班途中发生交通事故，需提交交通事故认定书、路线图、房东证明及身份证复印件、邻居证明及复印件。

法律依据：《工伤保险条例》第十七条、《工伤保险条例》第十九条、《工伤保险条例》第六十三条、《中华人民共和国劳动法》第七十七条。