按合同执行。一般是建设单位代缴，在施工单位工程款中扣除。

一、公司可以扣基本工资吗

一般情况下不可以。劳动法明确规定工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。但是，用人单位在特定的情况下也可以扣除劳动者工资。(1)用人单位代扣代缴的个人所得税；(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；(3)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

二、什么是工程结算

建设工程结算是反映工程进度的重要指标。在施工过程中，工程结算的依据其一就是按照已完的工程进行中间结算，根据累计已结算的工程价款占合同总价款的比例，能够近似反映出工程的进度情况；工程结算是加速资金周转的重要活动。施工单位尽快尽早地结算工程款，有利于降低内部运营成本。施工单位如此便能够获得相应的利润，进而达到良好的经济效益。

三、施工工期如何规定的

计算施工工期有两种方法:

从开工到竣工按全部日历天数计算,不扣除停工日数，称为“日历工期”;从全部日历天数中扣除节假日未施工的天数及因设计、材料、气候等原因停工的天数，称为“实际工期”。一般承包合同规定采用日历工期，以便于检查合同执行情况;实际工期由于排除了客观因素的影响，便于分析工期定额执行的情况。建筑施工工期是指在合同协议书约定的工期总日历天[同时结合合同约定的工期变更(如有)，进行相应数调整后的工期总日历天数，即经工期变更调整后的工期总日历天数。建筑施工中的“天”，除合同特别指明外，均指“日历天”。即包含法定节假日和休息日。合同中按“日历天”计算时间的，开始当天不计入，从次日开始计算，且期限最后一天的截止时间为当天24：00时,而不是通常的工作时间。