一、工程款拖欠超过诉讼时效诉讼程序该如何进行

工程款诉讼时效过了可以提出不履行义务的抗辩，由法院审查是否具有时效中断、时效中止和时效的延长事由；涉及不动产物权和登记而返还财产的，不受诉讼时效限制。

《民法典》第一百九十二条

诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；义务人已经自愿履行的，不得请求返还。

第一百九十六条

下列请求权不适用诉讼时效的规定：

（一）请求停止侵害、排除妨碍、消除危险；

（二）不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产；

（三）请求支付抚养费、赡养费或者扶养费；

（四）依法不适用诉讼时效的其他请求权。

二、工程款拖欠法院审理期限

如果适用的是普通程序一般会在六个月内判决，因为法律规定人民法院适用普通程序审理的案件，应当在立案之日起六个月内审结，如果适用的是简易程序，则会在三个月内判决。

《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十二条人民法院适用普通程序审理的案件，应当在立案之日起六个月内审结。有特殊情况需要延长的，经本院院长批准，可以延长六个月；还需要延长的，报请上级人民法院批准。

第一百六十四条人民法院适用简易程序审理案件，应当在立案之日起三个月内审结。有特殊情况需要延长的，经本院院长批准，可以延长一个月。

三、工程款拖欠申请强制执行的流程

1．申请。发生法律效力的民事判决、裁定以及刑事判决、裁定，当事人必须履行。一方拒绝履行，对方当事人可以依法向人民法院申请执行，也可以由审判员移送执行员执行。

2．法院受理。

3．申请复议。当事人、利害关系人对裁定不服的，可以自裁定送达之日起10天内向上一级人民法院申请复议。

4．向被执行人发出执行通知。执行员接到申请执行书或者移交执行书，应当向被执行人发出执行通知，责令其在指定的期间履行，逾期不履行的，强制执行。

5．采取强制措施，如查询、冻结、划拨被申请执行人的存款；扣留、提取被申请执行人的收入等。

《中华人民共和国民法典》：第九章　诉讼时效　　第一百九十六条　下列请求权不适用诉讼时效的规定：\n　　（一）请求停止侵害、排除妨碍、消除危险；\n　　（二）不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产；\n　　（三）请求支付抚养费、赡养费或者扶养费；\n　　（四）依法不适用诉讼时效的其他请求权。