关于行使指定管辖的机关，行政处罚法明确规定，对管辖发生争议的，报请共同的上一级行政机关指定管辖。这是由于，指定管辖权是一种行政决定权和行政领导权，指定管辖的决定一经作出，被指定管辖的行政机关就必须遵守执行，而对于行政机关的行政行为有决定权和领导权的只有其上级行政机关。在两个或者两个以上行政机关发生行政处罚管辖争议时，必须由他们共同的上一级机关进行处理。

对于不同的行政机关他们共同的上一级机关也有所不同，一般有以下几种情况：

第一，如果争议各方是同一政府所属的两个以上工作部门，行使指定管辖权的机关就是本级人民政府。

如：县工商局和县物价局之间发生行政处罚管辖权争议，指定管辖机关就应该是该县人民政府。

第二，如果争议各方是不同级政府所属的两个以上工作部门。

则需要具体问题具体分析，如果这两个以上部门都隶属于同一个行政主管部门，就由这个行政主管部门指定即可，如：同一个省的一市一县工商局对一违法案件发生争议就应当由省工商局指定管辖；如果两个以上的部门不属于同一个行政主管部门，则应当由他们共同的上级人民政府指定，如：同一个省一个市的交通局和另一个市的公安局发生行政管辖争议，应当由省级人民政府作出指定管辖决定。

第三，如果争议各方是两个以上人民政府。

如：同一个市所属的两个县政府对行政处罚管辖发生争议，这个市人民政府就可以对该行政处罚案件作出指定管辖决定。还需要指出的是，根据法律规定作出指定管辖的机关是发生管辖权争议机关的共同的上一级行政机关，因此，必须注意这里规定的上一级机关和上级机关是有所不同的，上一级机关是要求仅高一个层级。当然依据法律的规定共同的上一级机关对具体的有管辖权争议的机关来说可能不是仅高一个层级的问题，在学习和掌握行政处罚法关于指定管辖的规定时，必须注意这个问题。