指定管辖，是指上级人民法院以裁定方式，指定下级人民法院对某一案件行使管辖权。由于刑事诉讼法及相关的司法解释只规定了立案管辖和审判管辖，实践中对于管辖有异议后指定管辖的案件，一般有两种处理方法：

1、在对该案件侦查终结后，将案件移交犯罪地或犯罪嫌疑人居住地的公安机关，由该公安机关移送相应的检察机关提起公诉；

2、是被指定立案侦查的公安机关报请其上一级公安机关与该市中级法院协商后，中级法院指定该市某基层法院管辖，并通知与中级法院对应的市检察院，市检察院再通知相应的基层检察院。

刑事案件指定管辖在立案之后

刑事案件关于管辖权的规定较复杂，大致来讲就是原则上由犯罪地的基层人民法院管辖，如果由被告人居住地的人民法院审判更为适宜的，可以由被告人居住地的人民法院管辖。根据案件的情节轻重，可能由中级人民法院、或者高级人民法院、最高人民法院管辖。除此之外，还有移送管辖或上级人民法院制定管辖。根据《刑事诉讼法》的相关规定：基层人民法院管辖第一审普通刑事案件，但是依照本法由上级人民法院管辖的除外。中级人民法院管辖下列第一审刑事案件：（一）危害国家安全、恐怖活动案件；（二）可能判处无期徒刑、死刑的案件。高级人民法院管辖的第一审刑事案件，是全省（自治区、直辖市）性的重大刑事案件。最高人民法院管辖的第一审刑事案件，是全国性的重大刑事案件。法律规定：《刑事诉讼法》第二十条基层人民法院管辖第一审普通刑事案件，但是依照本法由上级人民法院管辖的除外。《刑事诉讼法》第二十一条中级人民法院管辖下列第一审刑事案件：（一）危害国家安全、恐怖活动案件；（二）可能判处无期徒刑、死刑的案件。《刑事诉讼法》第二十二条高级人民法院管辖的第一审刑事案件，是全省（自治区、直辖市）性的重大刑事案件。《刑事诉讼法》第二十三条最高人民法院管辖的第一审刑事案件，是全国性的重大刑事案件。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第二十七条：上级人民法院可以指定下级人民法院审判管辖不明的案件，也可以指定下级人民法院将案件移送其他人民法院审判。