非法客运不扣分。

非法运营有按规定要进行罚款，处处3万元以上10万元以下的罚款

根据交通运输部《道路旅客运输及客运站管理规定》

第八十四条违反本规定，有下列行为之一的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营;有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款;没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款;构成犯罪的，依法追究刑事责任：

(一)未取得道路客运经营许可，擅自从事道路客运经营的;

(二)未取得道路客运班线经营许可，擅自从事班车客运经营的;

(三)使用失效、伪造、变造、被注销等无效的道路客运许可证件从事道路客运经营的;

(四)超越许可事项，从事道路客运经营的。