《控申条例》对各级纪检机构受理检举、控告和申诉工作主要规定了如下内容：

（1）各级纪委检查机关对受理的检举、控告和申诉，应及时办理，不得延误。对应由上级处理的问题，应迅速报告上级处理；对应由本级处理的问题，本级有关领导或有关部门应及时处理；对应由下级处理的问题，应迅速转交下级处理。

（2）维护当事人的合法权利。对检举、控告人及检举、控告内容，应当保密。不准将检举、控告材料转给被检举、控告人；不得对检举、控告、申诉人歧视、刁难、压制。对打击报复检举、控告、申诉人的，必须追究责任，严肃处理。

（3）对如实检举、控告或反映情况的，应予以支持、鼓励。对检举、控告不完全属实的，除对不属实的部分予以解释说明外，对部分应予以处理。对检举、控告不实的，必须分清是错告还是诬告。如属错告，应在一定范围内澄清是非，消除对被错告者造成的影响，并教育错告者；如属诬告，必须对诬告者追究责任，严肃处理。

（4）发现党的组织负责人对党员或党组织申诉否认复议、复查和对冤假面具错案坚持不纠，对受理的检举、控告不负责，无故拖延不办，或为违纪者说情开脱，予以包庇的，都要给予批评教育，情节严重的，必须追究责任。