员工因职务侵占被追究刑事责任的，用人单位可以单方面解除劳动合同的，在解除劳动合同时出具离职证明。用人单位在解除劳动合同起十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接，用人单位在工作交接时不需要支付经济补偿。

如何认定员工职务侵占

职务侵占罪的犯罪构成要件：1、必须是利用自己的职务上的便利。所谓利用职务上的便利，是指利用职权及与职务有关的便利条作。2、必须有侵占的行为。3、必须达到数额较大的程度。至于数额较大的起点数额，参照最高人民法院《关于办理违反公司受贿、侵占、挪用等刑事案件适用法律若干问题的解释》之规定，是指侵占公司、企业等单位财物5000元至2万元以上的。

《中华人民共和国劳动合同法》第五十条

用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。

劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。

用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。