结算时结算金额与合同金额不一致是很正常的事情，一般的情况下结算金额与合同金额不可能一致，因为甲乙双方签订合同在先、施工在后，在整个施工过程中由于多种因素的变化导致工程造价变化，例如：主题结构变化有多变少或由少变多、国家物价政策的变化、施工现场现场签证工的出现等等都是影响总价变化的原因，这是完工必须调整或多或少，由此结算时结算金额与合同金额不一致，开发票时就以实际造价考虑、同时以此价格计提税金。

合同和发票金额允许差多少

一般来说，合同金额和发票金额必须是一致的。合同金额高出发票金额，涉嫌偷税漏税；合同金额低于发票金额，涉嫌虚开发票。若发生在民事诉讼中，一般按照实际发生的金额来确定。合同金额与发票金额不一致，应以实际金额为准。

《中华人民共和国税收征收管理法》第二十一条税务机关是发票的主管机关，负责发票印制、领购、开具、取得、保管、缴销的管理和监督。单位、个人在购销商品、提供或者接受经营服务以及从事其他经营活动中，应当按照规定开具、使用、取得发票。发票的管理办法由国务院规定。