农村盖仓房产生土地纠纷的，可以通过以下方式处理：

（一）由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。

（二）当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。

农村盖仓房产生土地纠纷的起诉流程有：

1、原告向人民法院递交起诉状、副本及相关的证据；

2、人民法院接受原告提交的文件、材料，进行审查，符合条件的予以立案；

3、法院将原告的起诉书副本送达被告；

4、被告作出书面答辩；

5、开庭审理；

6、法院做出判决。

《中华人民共和国土地管理法》第十四条

土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。

单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。

当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。

在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。