国家土地督察上海局在近年福建省土地督察中发现，农村宅基地确权登记发证实际完成率低于上报统计数据，为深入了解农村宅基地确权登记难、发证比例低的问题，该局组成调研组选择了福建省晋江市的7个村作为样本村，通过实地走访调查，对上述问题进行了深入了解和分析，并给出了对策。

对违法占地建房予以“有限”登记。对于违法占地建房不能以均不予确权或均以罚款方式处置等一概而论，应根据具体情况分类处理。一方面，在村镇规划编制或实施前因违法占地建房而无法确权登记的，包括未批即建、未批先建、少批多建、移位建设的宅基地应在限定面积内，补办用地审批手续并予以确权登记;对超面积部分先罚款、后补办、再登记。超占面积的罚款可“从低从轻”收取，分档累进。另一方面，村镇规划实施后在规划范围内未批即建、少批多建、未批先建、移位建设的宅基地，在限定面积内补办用地审批手续予以登记;在规划范围以外的宅基地确权登记时只记载其使用现状并明确其“有限”权能，不得用于抵押、交易。超占面积部分同上予以罚款处置。

对“一户多宅”采取协商和有偿方式确权登记。对历史形成的“一户多宅”的，要区分造成多宅现象的原因，与村集体和村民协商处理。原则上申请人只能选择其中的一处宅基地在规定面积范围内进行登记发证，其余宅基地应按照有偿使用的原则，对其收取一定的有偿使用费，提高其拥有多套住房或超占宅基地的持有成本，并由宅基地使用人与村集体经济组织签订拆迁保证书，约定在拆迁时对超占部分仅按建筑成本补偿，不采取产权置换安置。

对历史权属来源不清的简化认定手续确权登记。本着尊重历史和当前现状相结合的原则，对历史权源不清问题具体分析，分类处理。针对可以提供权源材料的情况，认可不同年代政府及土地、建设、规划等职能部门核发的有关批准文件或者盖章确认的有关用地证明材料，将它们作为宅基地登记发证的依据，在登记部门直接予以建档登记造册。针对因各种原因无法提供权源材料的情况，应将符合土地利用总体规划或城乡规划，并符合“一户一宅”及规定面积的，由村(居)委会出具证明，确认宅基地的权利人、面积、范围、取得时间等现状情况，在村镇公告、公示后予以登记发证。