立案、诉前准备、审理。

一、立案工程合同纠纷在立案阶段，需要审查的除了《民事诉讼法》上规定的立案条件外，就案由、管辖等方面需要特别重视和加强审查。合同立案的审查主要包括两个方面，审查案由和审查管辖。

1、审查案由。实践中，大量建设工程施工合同纠纷是以其他类型合同形式出现。例如，名为合作建房实为建设工程施工合同的纠纷；名为房屋买卖实为建设工程施工合同的纠纷；名为建设工程施工合同而实为合资合作开发房地产合同纠纷。因此不仅要审查基础合同的形式，还要对基础合同的内容进行基本审查。

2、审查管辖。根据最高人民法院司法解释的规定，建设工程施工合同不再如一般不动产案件适用专属管辖规定，而是适用一般合同地域管辖，即由被告住所地或合同履行地法院管辖。在建设工程施工合同中，合同履行地就是施工行为地，一般是施工合同项下建筑物所在地。以合同履行地作为管辖地符合便于人民法院审理和便于人民群众诉讼的“两便原则”。

二、诉讼前的准备首先，在庭前准备程序中，除进行证据交换和对证据初步质证工作外，通常需要进行司法鉴定工作。在庭前准备阶段，对当事人是否在举证期限内提出鉴定申请、是否予以准许、当事人未提出申请是否需要证据释明等问题均需要认真审查。其次，在庭前准备中须注意被告的反诉与抗辩问题。

三、审理在建设工程施工合同案件庭审中，一般除了对合同条款、履行情况进行庭审调查外，对以下几个方面也需要进行具体审查：

1、对建设工程施工项目相关手续的审查。

2、对建设工程施工合同履行过程的审查。