对于二级乙等医疗事故纠纷的处理程序如下所示：首先，倘若有必要启动医疗事故技术鉴定程序，应当由由双发当事人共同协商并委托专门的医学会来承担此项重要任务。

其次，如果医疗事故被认定为成立，那么针对与医疗事故相关的民事责任争议，诸如医疗费用、误工费、护理费、交通费以及残疾生活补助费等等损害赔偿问题，双方当事人均有权选择采用协商、调解或诉讼的方式予以解决。

特别值得注意的是，残疾生活补助费的支付标准与受害者的伤残程度密切关联，依据医疗事故发生地民众的年度平均生活费标准，并且从出现定残之日起算，最高可享受30年的赔付权利。

《医疗事故处理条例》第四十七条

双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。