1、法定性不一样。

公司章程依法是必须制定的；

而股东合伙协议则法律没有要求股东必须签署，在法律规定的范围内，股东合伙协议是可有可无的。

2、约束的对象不同。

股东合伙协议主要是对签署协议的各方股东有约束力；

而章程则是对公司、股东监事、高级管理人员具有约束力。

《公司法》第十一条

设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。