没有土地使用证的自建厂房属于违法建筑。在违法建筑拆迁补偿问题上，要区分建筑物和建筑物使用的材料、建筑物内的合法土地使用权和建筑物范围、建筑物和建筑物内的财产、拆迁补偿金和拆迁补助金，拆迁补偿与拆迁补偿等首先，在拆迁补偿中，要注意区分违法建筑和建筑材料。根据我国《城市房屋拆迁管理条例》第二十二条规定，“违法建筑和临时建筑超过批准期限的，不予补偿；临时建筑超过批准期限的，予以适当补偿。”拆迁时，对拆除的违章建筑不予补偿。但不能认为拆除违建材料，拆迁人不需要补偿。事实上，一些用于违法建设的材料在价值上可以独立存在，违法建筑者对用于违法建设的材料拥有合法的产权。其次，在拆迁补偿中，要注意区分建筑物范围内的违法建筑和土地使用权。如果违法建筑拥有合法的土地使用权，即使违法建筑本身在拆迁中得不到补偿，也必须考虑违法建筑业主的财产利益。以划拨方式取得土地使用权的，拆迁人不得对使用该土地的违法建筑者给予补偿；但是，以出让方式取得土地使用权的，违法建筑者已缴纳土地出让金，但出让期限尚未届满的，拆迁人应当对拆除违法建筑造成的土地使用收入损失给予适当补偿。第三，在拆迁补偿中，要注意区分违法建筑和建筑物内的财产。违法建筑中的财产可以独立于违法建筑而存在，违法建筑是违法建筑者的合法财产，应当依法予以保护。拆除人在拆除违法建筑过程中，不得侵犯违法建筑人的合法财产权益，否则应当承担法律责任。最后，在拆迁补偿中，要注意区分拆迁补偿、拆迁补助和拆迁补偿。虽然我国《城市拆迁管理条例》明确规定，对违法建筑的拆迁不予补偿，但只能说明违法建筑者得不到拆迁补偿，拆迁人仍需依法向违法建筑者支付拆迁补贴。拆迁补助包括搬迁补助、临时安置补助等费用。拆迁人不得因违法建筑原因拒绝向违法建筑支付拆迁补助、临时安置补助等费用。因拆迁程序和手段违法，侵害被拆迁人和房屋承租人合法权益的，应当依法给予补偿，即拆迁补偿。