卖方在宅基地买卖协议后反悔了，协议是无效的。宅基地使用权不得单独转让，有下列转让情况之一，应认定无效：1、城镇居民购买。2、法人或其他组织购买。3、转让人未经集体组织批准。4、向集体组织成员以外的人转让。5、受让人已有住房，不符合宅基地分配条件。

农村宅基地纠纷该怎么办？

如果发生农村宅基地纠纷可以先协商。无法协商的，可以由人民政府处理。如果人民政府处理后，对于处理决定不服，可以到人民法院对该人民政府提起行政诉讼。根据《土地管理法》第十四条第一款至第三款的规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。

《中华人民共和国民法典》第二百六十五条集体所有的财产受法律保护，禁止任何组织或者个人侵占、哄抢、私分、破坏。农村集体经济组织、村民委员会或者其负责人作出的决定侵害集体成员合法权益的，受侵害的集体成员可以请求人民法院予以撤销。