一直以来，个体税收征收管理都是整个税收工作中的难点问题，这是由个体经济的特点所决定的。一是分散。个体经济由于其投入成本小，形式比较简单，是一种较容易组织的经济形式，分布在社会的各个角落;二是机动。个体经济由于其操作的简便，在市场及政策等多种因素影响下，极易发生关、停、并、转。三是数量大但在整个经济结构中比重较小。四是复杂。从整体来看，个体经济已经渗透到了社会的方方面面。

在日常征收管理中，税务机关遇到的主要问题。一是税源户难以控管，一方面由于个体工商业户经营地点分散，经营方式多种多样，以及利益驱使等原因，一部分业户不办理税务登记，逃避税务机关的监督管理。另一方面是停歇业现象难辨真伪。有的个体工商户向税务机关办理了申报停业手续，有的却不到税务机关办理此项手续，也不办理注销户手续，此后便杳无音信，使税务机关处于办理税务登记难，注销税务登记难的两难境地。二是定额核定工作难以准确到位。对一些生产规模小又确无建账能力的，特别是集贸市场的个体经营者实行定期定额征收方式，但在核定其营业额时征纳双方分歧较大，业户自报的营业额与税务部门测算的营业额有很大出入，即使按保本法测算来核定，个体户也不愿接受，如按税务机关核定的营业额征收很难执行到位，征纳双方往往争执不休，纳税户百般争辩，形成了讨价还价的局面。为了减少矛盾以便征收，最终税务机关往往采取妥协态度，把核定的营业额降到双方都能接受的额度，于是产生了核定纳税定额的随意性，客观上削弱了税法的刚性。三是违章处罚处理难度较大。在日常税收征管过程中，一旦发生个体工商业户逾期办理税务登记，逾期申报入库，发票违章等行为，如按《征管法》规定进行处罚，有较大难度。并不是《征管法》的刚性不足，而是税务人员缺少铁石心肠和铁的手腕，总认为能使个体工商户办理了税务登记或缴纳了税款就已经很不错了，至于处罚嘛，做生意也不易，抬抬手就免了，即使处罚也掌握在最低幅度内，教育教育就过了。四是发票使用难以控管。发票是最原始的核定定额的依据之一，由于现行发票管理办法不完善，很多个体工商户经营活动和内部管理不规范，在发票的使用管理上存在较多问题，如发票领用清理不及时，有的个体工商户停业时既不缴清税款，也不办理注销，更不缴销已购领的发票。又如发生应税业务不开具或虚开或乱开具发票，以达到其少缴税或拉生意的目的。更有甚者，向不法分子购买假发票，以达到偷逃税款的目的。五是在发生税收执法过程中产生冲突时，税务人员人身安全无法得到足够的保障，此时往往是媒体以“野蛮执法”等报道进行错误引导，造成群众不理解，使税务人员成为执法过程中的“弱势群体”，其导致的直接后果是税务人员不愿管、不敢管，甚至不愿来市场税务所工作的抵触情绪，从而助长了偷逃税邪气的滋生，影响了正常的税收秩序。六是国家为了鼓励下岗人员再就业，制定了税收减免政策，近几年借用、租用、造假下岗优惠证以骗取享受税收减免的现象屡屡发生，并争先效仿，造成国家税收的大量流失和严重的税负不公现象，使正常的纳税户不愿缴税甚至拒缴。七是申报纳税难以规范。“两制”考核要求提高征管质量，对纳税申报率，税收入库率的考核不是其中的重中之重，对有证的个体工商户虽有一定难度，但经过努力，还能达标，可对于那些由于种种原因无证经营的商户，想要做到难度可想而知了。