土地确权发生边界纠纷，处理如下：1、协商处理。当事人可以通过协商解决。2、行政处理。协商不成，可由人民政府进行调解或作出行政裁决。3、司法处理。如果当事人对人民政府的处理决定不服的，可以向人民法院起诉。

农村土地确权有纠纷该怎么办

土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决。协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起规定期限内，向人民法院起诉。

乡（镇）政府根据发包方上报的审核报告，结合有关土地承包法律政策、工作方案，指导发包方制定具体措施，在不违背法律政策的前提下，区别不同情况，通过民主协商，妥善解决土地承包纠纷问题。

对个别村部分群众要求调地的，应当慎重把握、妥善处理。对符合法定情形，需要个别调整的，应当履行法定审批程序。权属争议未解决的，不进行土地承包经营权确权登记颁证。

农村土地确权的意义是什么

1、有利于强化物权保障。土地是农业最基本的生产资料，也是农民的“命根子”，一经确权，农民就是土地承包经营权的物权权利人，有利于依法保障农民的土地承包权益。

2、有利于强化承包农户的市场主体地位和家庭承包经营的基础地位，为巩固农村基本经营制度提供强有力的制度保障。经过确权颁证之后，土地既是资源，又是资产，农民就等于握住了自己的土地使用权，无论谁想再动农村的承包地，都必须经过本户同意。如果农民外出打工，还可依法把承包地进行流转，交给家庭农场、农民合作社等来经营，换取实物或租金。这样一来，农民的财产性收入就会增加。

3、农民可用自己的权证进行抵押贷款。当前，因部分农民无法提供担保、没有足够的抵押物，贷款难问题较突出。而确权登记颁证以后，随着相关政策的陆续出台，农民就可用自己的权证进行抵押贷款。

综上所述，农村土地承包中存在一些历史遗留问题，导致有些土地权属不清，在确权的时候发生纠纷。这样，村民之间应该先协商，看是否有解决办法。不行的话乡镇政府从中调节，按照保障物权的原则处理。实在不行，当事人准备诉讼状等材料向法院起诉。

《土地管理法》第十四条

土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。

单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。

当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。

在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。