目的不同

《政府采购法》规定：集中采购机构是非营利性事业法人。它的工作性质是不以营利为目的，是为党政机关服务，为政府把关。目前有的政府集中采购机构在承担采购计划招标时不向采购人和供应商收取任何费用。招标文件都是免费发放。这就决定了该机构在招投标活动中不会受采购人和供应商左右，为供应商创造一个公开竞争的平台，容易在采购活动中做到公开、公平、公正。

而招标代理机构是社会中介机构，是非生产经营性企业法人，它作为一个市场经济条件下的理性经纪人，追求利润最大化是其根本目的。由于收取了采购人招标代理费，对于采购人不合理的要求很难公正处理。

属性不同

政府采购活动是政府行政职能的延伸，政府集中采购机构实际上是一种准行政组织，即行政性事业单位，它不具备国家行政机关性质，但实际上是经政府设立和授权，承担着一定行政管理职责的机构。

《招投标法释义》中指出，从性质上说，招标代理机构既不是一级行政机关，也不是从事生产经营的企业，而属于社会中介组织。招标代理机构不具备准行政组织的属性。从法律角度来说，政府集中采购执行机构是事业法人，而社会中介代理机构是非生产经营的企业法人，二者法律基础完全不同，不能同日而语。

职能不同

集中采购机构的采购活动，不仅仅是招标，还包括采购计划的落实、组织招标、制定采购操作规程、集中采购人员培训、催促合同履约、采购效益评估分析等。这些职能是一个有机的整体，环环相扣不能分开。

而招标代理机构和采购人之间是一种单纯的民事主体关系，委托代理行为是建立在完全平等自愿基础上的，它只需在委托代理人的授权范围内，以代理人的身份办理招标业务，是通过民事合同来约定双方权利和义务;《政府采购法》规定：采购人采购纳入集中采购目录中的政府采购项目，必须委托集中采购机构代理采购这是具有法律强制性的，采购人没有选择权，不能擅自将纳入集中采购目录的项目委托社会中介机构办理，任何单位或个人都不能以特殊要求为由规避集中采购而由社会招标代理机构采购。

作用不同

国办发(2003)74号文件进一步强调集中采购的地位和重要作用，要求各级政府要充分发挥集中采购机构在全面推进政府采购制度改革中的重要作用。政府集中采购是深化财政支出体制改革的组成部分，它能够有效规范采购行为，防止腐败，提高采购资金使用效益，有效地实现国家宏观调控目标，其意义十分深远重大。

《政府采购法》规定，设区的市、自治州以上人民政府要设立集中采购机构，由该机构办理集中采购事宜，服务对象是本级机关、事业单位和社会团体组织。它的设立为政府采购制度改革提供了组织保障。而社会中介代理机构面向社会上各类市场主体，更多的是为企业和个人提供代理服务。行为准则是参与市场活动，遵守市场活动基本原则。