若员工与用人单位签订服务期协议的，辞职后公司要扣培训费，是合法的；若不属于违反服务期约定的，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。侵犯劳动者合法权益的，可以向劳动行政部门举报。

法律依据：

《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条

用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。

劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。

用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。辞职扣工资不合法。劳动者可以提前三十日以书面形式通知用人单位解除劳动合同，并且用人单位有义务结清工资并办理离职手续。我国法律明确规定工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第三十条用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。第三十七条劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。

《中华人民共和国劳动合同法》（2012修正）：第四章　劳动合同的解除和终止　　第三十七条　【劳动者提前通知解除劳动合同】劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。