经公安部出入境管理局与香港入境处、澳门治安警察局协商，在持证人(或其监护人)授权的情况下，内地公安机关出入境管理部门可在签发电子往来港澳通行证时，协助将持证人的指纹模板信息同时写入内置芯片中的香港、澳门主管部门专属应用区域。持证人免于向香港、澳门地区主管部门登记采集指纹，在其入出香港、澳门时，香港入境事务处、澳门治安警察局通过读取证件内的指纹模板信息，为其提供自助通关服务。

开通港澳自由行的全国49个城市可享受自主通关，江苏省目前仅有南京、无锡、苏州三市在列。其他城市仍须按现行规定经由人工检查通道出境。