1、施工合同备案由建设行政主管部门、或者其他有关部门备案管。

《建设工程质量管理条例》

第四十九条

建设单位应当自建设工程竣工验收合格之日起15日内，将建设工程竣工验收报告和规划、公安消防、环保等部门出具的认可文件或者准许使用文件报建设行政主管部门或者其他有关部门备案。

2、施工合同的补充协议还需要备案，施工合同要求备案是建设部做出的规定，补充协议作为合同的组成部分，也应按照建设部的要求到主管部门备案。由于建设部所做规定不属于法律、行政法规，因此，施工合同未备案并不必然导致合同无效。

相关法律规定：《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》

第二十一条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”

当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。

一、天津市施工合同备案时限是多久

一般是7天之内进行办理的。

《房屋建筑和市政基础设施工程施工招投标管理办法》第四十七条规定：招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同；招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。订立书面合同后7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民建设行政主管部门备案。

1、办理施工合同备案有时间限制如果是依法必须进行施工招标的工程，则需要在招标文件发出的同时就办理备案手续。

相关法律规定：《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》

第十八条依法必须进行施工招标的工程，招标人应当在招标文件发出的同时，将招标文件报工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。建设行政主管部门发现招标文件有违反法律、法规内容的，应当责令招标人改正。

2、一般的施工合同，则需要在施工合同竣工、验收合格之后，再办理备案手续。

《建设工程质量管理条例》

第十六条建设单位收到建设工程竣工报告后，应当组织设计、施工、工程监理等有关单位进行竣工验收。

第四十九条

建设单位应当自建设工程竣工验收合格之日起15日内，将建设工程竣工验收报告和规划、公安消防、环保等部门出具的认可文件或者准许使用文件报建设行政主管部门或者其他有关部门备案。

建设行政主管部门或者其他有关部门发现建设单位在竣工验收过程中有违反国家有关建设工程质量管理规定行为的，责令停止使用，重新组织竣工验收。